Откуда задача?

По-моему, вы гвозди микроскопом забиваете. Суфмассив и пишется быстро, и с ним понятно, как правило, что делать (вместо того, чтобы строить аццкие динамики по автомату), и работает быстро. Если непонятно, как строить его за nlogn, то скажу, что он строится нахаляву за nlogn^2 с помощью сортировки непосредственно циклических сдвигов. Но сравнение стоит делать не за линию, конечно, а за логарифм хешами. Вообще полезно научиться писать все суффиксные структуры. А превращение автомат -> массив это скорее интересная алгоритмическая задачка, чем то, что может реально пригодиться.

Я научился только суфф. автомат --> суфф. дерево --> суфф. массив все за O(n)

Вся сложность алгоритма построения суф массива в цифровой сортировке на каждом шаге. Это тот момент, когда мы хотим отсортировать пары, соответствующие удлиненным суффиксам. 

"  А то автомат я как то понял а массив слабее. "